در آزمایشگاه آنالیز دستگاهی، آنالیز و خالص ­سازی پپتیدهای سنتز شده و همچنین آنالیز کلیه نمونه ­های مواد مؤثره داروئی سنتز شده، مطابق با استانداردهای بین­ المللی موجود در فارماکوپه داروئی، انجام  می­ شود. این آزمایشگاه به دستگاه­ ها و تجهیزات مختلفی مجهز شده که عبارتند از:

کروماتوگرافی مایع با عملکرد بالا (High Performance Liquid Chromatography) که به اختصار  HPLC نیز گفته می شود، مهم ترین و متداول ترین روش کروماتوگرافی است که برای محدوده وسیعی از مواد غیر فرار در زمینه های مختلف علوم کاربرد گسترده ای دارد. با استفاده ازHPLC ، آنالیز کمی و کیفی  و همچنین خالص سازی نمونه قابل انجام است. آنالیز کیفی، برای تشخیص و شناسایی نوع ترکیبات انجام می‌شود و برای تعیین کمی مقدار آنالیت نیز سطح زیر پیک و یا ارتفاع پیک ترکیب مجهول با نمونه استاندارد مقایسه می‌شود.

دستگاه فریز درایر برای خارج ساختن حلال و خشک کردن نمونه­ ها بواسطه ایجاد خلا در دماهای بسیار پائین بدون تغییر ساختار ترکیب استفاده می شود .خشک‌کن انجمادی به واسطه منجمدسازی ماده و سپس کاستن فشار محیطی با اجازه دادن به تصعید آب یخ زده در مایع به شکل مستقیم از فاز جامد به فاز گازی، عمل می‌کند.

سایر امکانات مورد نیاز جهت تهیه و خالص سازی پپتیدها، به همراه تجهیزات آزمایشگاهی مختلفی که در ادامه به آنها اشاره شده است.

دستگاه طیف سنج مرئی و ماوراء بنفش مدل UV-1600.

دستگاه قطبش‌سنج یا پلاریمتر.

دستگاه آب خالص ساز مدل MILLIPORE.

دستگاه حمام فراصوت مدل BANDELIN RK106.

دستگاه حمام یخ چرخان مدل JULABO.

دستگاه آون مدل BINDER.

دستگاه آون خلا مدل BINDER.

دستگاه pH متر مدل METROHM 827 PH Lab.

دستگاه تقطیر تحت خلا مدل LABOROTA 4000.