آزمايشگاه پژوهشکده پپتید با هدف انجام تحقيقات پژوهشی-کاربردی و خدمات آزمايشگاهي، فعاليت خود را از سال 1385 با توانايي انجام آزمايش‌هاي مختلف در زمینه آنالیز و سنتز ترکیبات پپتیدی و مواد مؤثره داروئی آغاز كرده است. هم اكنون آزمايشگاه‌های این پژوهشکده در فضايي به وسعت حدود 300 مترمربع شامل آزمايشگاه‌ آنالیز دستگاهی و آزمايشگاه‌ سنتز مواد مؤثره دارویی مورد نیار کشور است.  این مجموعه آزمایشگاهی با برخورداري از انواع دستگاه‌ها و تجهيزات مناسب و همچنین امکانات آزمايشگاهی، علاوه بر رفع نيازمندي‌هاي آزمايشگاهي-تحقيقاتي دانشجویان، با اجراي دقيق استانداردهای ایمنی و كنترل كیفی، ارائه خدمات آزمايشگاهي به طرح‌هاي مشاوره‌اي و اجرايي را در رزومه خود دارا مي‌باشد.