گروه پژوهشی پپتیدهای نوین دارویی، یکی از گروه­ های پژوهشکده پپتید است. ایجاد این گروه، با توجه به این مهم که، اسیدهای آمینه محافظت شده، از مواد اولیه اصلی در ساخت پروتئین ها بوده و کاربرد گسترده­ای در سنتز پپتیدها و پروتئین ها دارند، همچنین عنایت به اینکه تولید اسیدهای آمینه و پپتیدها برای مقاصد دارویی، یکی از بخش های بزرگ تجارت جهانی دارو است، مدنظر قرار گرفت.

نظر به اینکه داروهای پپتیدی که به طور متنوع برای درمان بیماری های سرطانی، عوارض استخوانی، ناهنجاری های رشد و … مورد استفاده قرار می­گیرند (مانندLeuprorelin acetate, Triptorelin acetate, Boserelin acetate  که به منظور درمان سرطان پروستات و سینه مورد استفاده قرار می­گیرند، یا کلسی­توسین که در درمان عوارض استخوان و اکترئوتاید که در درمان ناهنجاری های رشد استفاده می­شوند)، سالیانه بیش از 20 میلیون دلار ارز از کشور خارج می­کنند، لذا یکی دیگر از اهداف این گروه پژوهشی, تحقیق و نهایتاً ارائه دانش فنی سنتز پپتیدهای ذکر شده و همچنین بررسی بازار مورد نیاز در خصوص داروهای پپتیدی جدید و معرفی آنها به صنایع دارویی به منظور ارائه به بازار ایران است. لازم به ذکر است که این گروه پژوهشی، دانش فنی تولید چند نمونه از داروهای هورمونی پپتیدی LHRH را دار بوده و قابلیت ارائه تکنولوژی تولید اسیدهای آمینه محافظت شده به عنوان مواد اولیه تولید داروهای پپتیدی متنوع را نیز، داراست.