گروه سنتز پپتیدها، یکی از گروه ­های سه­ گانه پژوهشی در پژوهشکده پپتید است. فلسفه ایجاد این گروه، به این مهم باز می ­گردد که؛  طی چند سال گذشته، استفاده از اسیدهای آمینه غیر معمول نظیر β- آمینو اسیدها و γ– آمینو اسیدها، در سنتز پپتیدها مورد توجه جدی قرار گرفته و بررسی­ های فارماکولوژیکی نشان داده است که فعالیت بیولوژی ترکیبات حاصل به نحو قابل ملاحظه ­ای افزایش یافته است. لذا پژوهشکده شیمی پپتید، بر آن شد تا با ایجاد این گروه پژوهشی، بتواند با روش های ساده و موثر، به سنتز نمونه­ هایی از اسیدهای آمینه غیرمعمول مبادرت نماید (که براین اساس می توان به گونه ­های عامل دار شده جدید β- آمینو اسیدها, γ– آمینو اسیدها و آمیدینو آمینو اسیدها اشاره نمود) و سپس این ترکیبات را به عنوان ماده اولیه در سنتز آنالوگ ­های پپتیدی مشابه مورد استفاده قرار دهد. براین اساس، قطعاً تغییرات اعمال شده می­تواند بر روی فعالیت ­های بیولوژیکی، شکل فضایی و نحوه عملکرد آنها اثر گذارد که خوشبختانه، با توجه به برقراری ارتباط این گروه پژوهشی با پژوهشگران خبره دانشگاه ها و مراکز تحقیقاتی مختلف داخل و خارج کشور و انجام تست ­های بیولوژیکی متنوع، امکان مشخص نمودن اثرات درمانی این ترکیبات، بخوبی ایجاد شده است.

از طرف دیگر، سیکلو پپتیدها دسته دیگری از پپتیدها با خواص بیولوژیکی متنوع هستند که از این دسته می­توان به Fengycin, Synringomycin, Syringostatin, Cilofungin اشاره نمود و یکی دیگر از اهداف این گروه پژوهشی، شناسایی و سنتز این قبیل پپتیدها با خواص دارویی مختلف، است. علاوه بر این، از آنجائیکه گلیکوپپتیدها دسته ­ای از داروهای آنتی بیوتیکی هستند که در آنها، یک اتصال گلیکوزیدی به زنجیره پپتیدی یا سیکلو پپتید وجود دارد و خانواده­ای از این دسته ترکیبات، امکان جلوگیری از تشکیل دیواره سلولی باکتری یا میکروب را دارا می­باشند، شناسایی این قبیل داروهای پپتیدی و ارائه روش های مناسب جهت سنتز و همچنین استخراج آنها از منابع طبیعی، از دیگر اهداف گروه پژوهشی سنتز پپتیدها محسوب می­شود.