در ابتدای سال 1385، پس از اخذ مجوز از شورای گسترش وزارت علوم و جذب حمايت های مالی از شرکت تحقيقاتی- مهندسی توفيق دارو و ﻣﺴﺌﻮلان دانشگاه خواجه نصيرالدين طوسی و بنياد الکساندر فون هومبولت آلمان، گروه پژوهشی شیمی پپتید در دانشگاه صنعتی خواجه نصیر طوسی آغاز به کار نمود. پس از طی مراحل قانونی و براساس عملکرد مثبت گروه پژوهشی در سال 1388، به مرکز پژوهشی و در سال 1392، به پژوهشکده شیمی پپتید ارتقا پیدا کرد. هدف اصلی این پژوهشکده، تلاش در جهت دستیابی به دانش فنی داروهای پپتیدی و انجام طرح ­های پژوهشی مشترک با سایر همکاران دانشگاه­ های داخلی و خارجی بوده که خوشبختانه طی سال های گذشته موفقیت­ های بسیار خوبی را بدست آورده است که از جمله آنها، دستیابی به دانش فنی بیش از 10 داروی مورد نیاز کشور و تعداد زیادی طرح تحقیقاتی مشترک، با سایر دانشگاه ­های داخلی و خارجی است.

دنیای زنده بدون حضور پپتیدها قابل تصور نیست. این پلیمرهای زیستی به ظاهر کوچک، نقش بزرگی را در سیستم­ های زیستی ایفا می­ نمایند. هورمون­ های پپتیدی و انتقال دهنده ­های عصبی اصلی­ ترین تنظیم ­کننده ­های بدن موجودات زنده به شمار می­ آیند. شيمي پپتيد ماهيت بين رشته اي دارد و بخوبي ارتباط موثر و مناسبی بين رشته ­هایي نظير بيوشيمي، بيولوژي مولکولي، شيمي دارويي و بيوتکنولوژي را برقرار ساخته است. همچنین پتانسيل مناسبي جهت ارتباط با ساخت ميکروراکتورها، بيوراکتورها و نیز مهندسي کنترل را دارا است. لذا، قرن آینده بعنوان قرن کدهای بیولوژیکی نامگذاری شده است و در این میان، پپتیدها به دلیل ساختار طبیعی تنوع خواص بیولوژیکی، دارویی و اثرات سمیت کمتر جایگاه ویژه­ای پیدا کرده ­اند.

خانواده ترکیبات پپتیدی، دارای خواص دارویی گسترده و متنوعی نیز هستند، بطوری­که در حال حاضر بیش از 240 نمونه پپتیدی مراحل نهایی کلینیکی را می­ گذرانند و بزودی حجم وسیعی از بازار دارویی را به خود اختصاص خواهند داد. بازار داروهای پپتیدی بیش از سالیانه 20 میلیارد دلار می­باشد و تعداد زیادی از این ترکیبات، در داخل کشور نیز جهت درمان بیماری­ های مختلف مورد استفاده قرار می­گیرند. در حال حاضر، ساليانه جهت واردات داروهاي مذكور ده ­ها ميليون دلار ارز ازكشور خارج مي­شود. بدين خاطر تحقيق و نهاﻳتاً توليد مقرون به صرفه اين تركيبات در داخل كشور، مي­تواند ضمن بي­نياز كردن كشور از واردات آنها و كاهش خروج ارز ،زمينه­ ساز دانش فني نوين در كشور نیز باشد.

با عنایت به موارد یاد شده و به منظور گسترش پژوهش در زمینه تولید مواد اولیه دارویی و داروهای نوین پپتیدی و کمک به رفع نیازهای پژوهشی کشور در زمینه ­های متنوع سنتز ترکیبات آلی، مواد مؤثره دارویی و داروهای پپتیدی و نیز سنتز پپتيدهاي نوين به خصوص پپتيدهايی که در نانو بيوتکنولوژی دخالت دارند، پژوهشکده شیمی پپتید بعنوان نخستین پژوهشکده دانشگاهی فعال در این زمینه تخصصی، از سال 1385 فعالیت خود را شروع نموده و در حال حاضر ضمن تربیت نیروهای با کیفیت علمی در مقطع کارشناسی ارشد و دکتری، توانسته است دانش فنی چندین ترکیب پپتید دارویی را نیز بدست آورد.

در این راستا، پژوهشکده در تلاش است تا نه تنها با برقراری تعادل بین ماموریت ها در زمینه ­هایی که دانشگاه متولی اصلی آن است، قدم های مؤثری برداشته و در منطقه، بهترین عملکرد آموزشی، تربیتی، علمی و جهت ­مندی را داشته باشد، بلکه برآن است تا با تلاش برای دستیابی به فن آوری و دانش روز در حوزه شیمی پپتید و با دستیابی به فناوری تولید تعدادی از اقلام مهم داروهای پپتیدی، به جلوگیری از خروج ارز در قالب ورود داروهای خارجی به کشور (بیش از ده ها میلیون دلار در سال)، کمک نماید.

با عنایت به موارد یاد شده، پژوهشکده شیمی پپتید سه گروه پژوهشی با عناوین “ گروه پژوهشی بیوکاتالیست­ ها و پپتیدهای طبیعی ”، “ گروه پژوهشی پپتیدهای نوین دارویی ” و “ گروه پژوهشی سنتز پپتیدها” را در نمودار سازمانی خود قرار داده که براین اساس، قادر به سنتز مواد مؤثره دارویی (API) و ترکیب های پپتیدی با خواص متنوع داروئی مثل ضد سرطان، ضد دیابت، ضد درد و همچنین خانواده(Gonadotropin Releasing Hormone)  GnRH می­باشد. همچنین، طی سال های اخیر، با تلفیق شیمی پپتید و شیمی ترکیبات هتروسیکل فعال بیولوژیکی، ترکیبات متنوعی با خاصیت بیولوژیکی مؤثر در این پژوهشکده سنتز شده­اند. با توجه به قابلیت­ های موجود و همچنین موارد مورد نیاز کشور، این پژوهشکده توان انجام فعاليت های تحقيقاتی، خدمات مشاوره­ای، خدمات آزمايشگاهی، خدمات آموزشی _ تحقيقاتی و سنتز انواع مواد مؤثره داروئی، پپتيدی و هتروسیکلی را دارد، که در صورت تمایل جهت انجام هر یک از موارد درخواستی، جزئیات بیشتری ارائه خواهد شد.

پژوهش جهت دستيابي به دانش فني توليد داروي پپتيدي، سنتز زنجيره­ هاي پپتيدي با خواص دارويي، ارائه متدولوژي نوين در سنتز پپتيدها و مشتقات اسيدهاي آمينه، برگزاري دوره­ هاي تحقيقاتي – آموزشي مورد نياز صنايع دارويي، کمک به رفع مشکلات صنايع دارويي کشور و همکاری پژوهشی مشترک با اساتید دانشگاه ­های داخلی و خارجی، اهداف اصلی پژوهشکده شيمي پپتيد هستند. براين اساس، فعاليت­ های اصلی پژوهشکده را می­ توان در پنج زمينه: فعاليت های تحقيقاتی، خدمات مشاوره­ای، خدمات آزمايشگاهی، خدمات آموزشی _ تحقيقاتی و ارائه دانش فنی سنتز پپتيدها، تقسیم­ بندی نمود :

الف) فعاليت تحقيقاتی :

ارائه دانش فنی توليد مواد اوليه و محصولات نهايی صنايع دارويی کشور، بالاخص داروهای پپتيدی، يکی از فعالیت ­های اصلی، جاری و آتی اين پژوهشکده است.

ب) خدمات مشاوره­ای :

با توجه به نياز صنايع دارويی به بهينه­ سازی و به روزرسانی روشه ای توليدی و رفع مشکلات کمی و کيفی، اين پژوهشکده، قابليت همکاري های متنوع در اين خصوص و اراﺋه خدمات مشاوره­ای را داراست.

ج) خدمات آزمايشگاهی :

نظر به وجود نیروهای با کیفیت و نیز امکانات سخت ­افزاری مناسب در پژوهشکده، امکان انجام خدمات آزمايشگاهی از جمله خدمات آناليز دستگاهی و سنتر ترکیبات پپتیدی به روش های مختلف و معتبر وجود داشته و در اين راستا، با عضويت در شبکه فناوری نانو، امکان ارتباط با ساير مراکز تحقيقاتی و شرکت ها که نيازمند اين نوع خدمات هستند نیز ميسر شده است.

د) خدمات آموزشی – تحقيقاتی : 

پژوهشکده شیمی پپتید، قابليت برگزاری دوره­ های آموزشی – تحقيقاتی مورد نياز صنايع دارويی مختلف را داراست. همچنين با توجه به اين موضوع که يکی از مشکلات اصلی صنايع دارويی عدم وجود نيروهای متخصص متناسب با تحقيق و توليد داروهای نوين می باشد، اين پژوهشکده قادر به آموزش نيروی متخصص مورد نياز صنايع دارويی کشور می­ باشد.