یکی از گروه ­های پژوهشکده پپتید، گروه بیوکاتالیست­ ها و پپتیدهای طبیعی است که ایجاد آن بدلیل اهمیت پرداختن به موضع پپتیدهای طبیعی از یک طرف و بهره وری که استفاده از بیوکاتالیست ها در انجام واکنش های شیمیایی بوجود می ­آورند، از طرف دیگر بوده است.

در این راستا، از آنجائی که پپتیدها در بافت های مختلف بدن با خواص بیولوژیکی متنوعی وجود داشته و بسیاری از آنها اثرات مستقیم مهمی را بر روی عضلات صاف عروق و عضلات صاف نواحی دیگر اعمال می­کنند (مانند وازوپروسین، آندوتلین، اوروتنسین با خواص منقبض کنندگی عروق، نوروتانسین، برادی کینین و آدرنومدولین به عنوان گشاد کننده عروق، انسولین جهت کاهش قند خون و اکسی­توسین با خاصیت آنتی بیوتیکی و …)، یکی از اهداف اصلی این گروه پژوهشی، بر مبنای سنتز آنالوگ های پپتیدی جدید و بررسی خواص دارویی آنها پایه­ ریزی شده است.

از طرف دیگر، با عنایت به اینکه استفاده از بیوکاتالیست ها برای انجام واکنش های شیمیایی از قدمت زیادی برخوردار بوده و بسیاری از تبدیلات شیمیایی، با استفاده از آنها با سرعت بیشتر، بهره بالاتر و قیمتی کمتر انجام می­شوند (به عنوان مثال، کورتیزون یک داروی ضد التهاب دارای اسکلت استروئیدی است. سنتز این ترکیب در گذشته نیازمند انجام 37 مرحله بوده که براین اساس، نه تنها بهره کورتیزون بدست آمده بسیار پایین می­ شود بلکه از لحاظ اقتصادی نیز مقرون به صرف نخواهد بود. اما با استفاده از یک بیوکاتالیست می­توان تعداد مراحل انجام این ترکیب را به 6 مرحله کاهش داده و بهره آن را افزایش داد که این خود باعث کاهش قیمت محصول نهایی می­شود)، استفاده از بیوکاتالیست ها برای سنتز ترکیبات دارویی مختلف، یکی دیگر از وظایف این گروه پژوهشی در نظر گرفته شده است.

علاوه بر موارد یاد شده، از آنجائیکه آنزیم ها با ساختار پروتئینی و فعالیت بیولوژیکی گسترده، قادر هستند که بصورت انتخابی در واکنش های شیمیایی شرکت نموده و محصولاتی با انتخاب پذیری بالا ایجاد نمایند، همچنین عنایت به اینکه، امروزه با توجه به کاهش منابع نفتی و پتروشیمیایی، بسیاری از کشورها تولیدات خود را بر مبنای استفاده از این بیومولکول ها طراحی می­کنند و نیز توجه به اینکه رشد و پیشرفت استفاده از این آنزیم ها در فرآیندهای شیمیایی و واکنش های آلی، این قابلیت را در اختیار قرار می­دهد تا امکان تولید داروهای مختلف را با استفاده از آنزیم ها ایجاد نمود، یکی دیگر از اهداف این گروه، شناسایی و استفاده از بیومولکول ها در سنتز آلی تعریف شده که خروجی آن می تواند منجر به تولید محصولات دارویی و ترکیبات فعال بیولوژیکی شود.